Pierwotnie Łonto było klasztorem bonu, dziś nie wiadomo jednak, kto go założył. Później – czego ślady wciąż są widoczne – należało do szkoły njingma.
Wedle ustnych przekazów chylącą się ku upadkowi świątynię uratował Sakja Triczen Taszi Rinczen, strzelając do niej z łuku. Od tego czasu nazywano ją Lhanjing, „starą” albo „przeszytą strzałą”.
Zmienić Łonto w klasztor sakjapy miał, wracając do Tybetu z Chin, Drogyn Czogjal Pagpa (1235–1280). Jeśli to prawda, musiało do tego dojść w roku drewna i świni, w piątym cyklu (1275–1276). W tym samym czasie ufundowano klasztor Dzongsar.
W roku wody i świni, w czternastym cyklu (1863–1864) klasztor został zniszczony przez armię Gonpo Tasziego z Njarongu (1799–1865), która spaliła wszystko poza główną świątynią. Mieszkańcy okolicznych osad odbudowali jednak z czasem każdy budynek i mówi się, że odnowiony kompleks w niczym nie ustępował poprzedniemu.
Hierarchia
Niewiele wiadomo o historii Łonto sprzed przejęcia przez sakjapów. Stara kronika zaginęła, przez co nie możemy powiedzieć nic pewnego.
Głównym przełożonym klasztoru był Czodzie, „Pan Dharmy”, który stał na czele labrangu swojego imienia. Wybierał go – spośród czterech kandydatów z klanu Kharmar – Sakja Trizin, głowa szkoły, mającej siedzibę w centralnym Tybecie. Przed chińskimi rządami na tronie zasiadało trzynastu Czodzie. Najbardziej znanym był uczony Łonto Khjenrab, który urodził się w 1889 roku i zmarł w latach sześćdziesiątych.
W skład kompleksu wchodziła główna nawa ze stoma filarami, cztery świątynie, kolegium, przestronny pałac, skarbiec i kwatery mnichów z 113 celami. W przykrytej pozłacanym dachem świątyni Dolmy, na przykład, stały brązowe figury Sakja Pandity, Atiśi, Buddy Majtrei i Dipamkary oraz nieco mniejsze posągi Dwudziestu Jeden Tar i Szesnastu Arhatów.
Ruina
W czasie rewolucji kulturalnej świątynia Lhanjing i główna nawa służyły za magazyn. Dzięki temu budynki ocalały, niemniej zniszczono większość przechowywanych w nich skarbów i przedmiotów kultu. Pod kierunkiem Khenpo Cultrima Tenzina okoliczni świeccy i mnisi odbudowują wspólnie świątynie, kolegium i plac debat. W Łonpo mieszka obecnie 160 duchownych, oddanych zachowaniu i praktykowaniu dawnych rytuałów.
Encyklopedię świątyń Khamu wydrukowano w Kardze (chiń. Ganzi) w 300 egzemplarzach „do użytku wewnętrznego”. W 2024 roku władze chińskie skazały Łonpo – którego cudem zachowane trzynastowieczne freski uznaje się za jedne z najcenniejszych w Tybecie – na zagładę w związku z budową zapory Kamtok (chiń. Gangtuo) na Driczu (Jangcy). Plan zalania dwóch wiosek i sześciu klasztorów na obu brzegach rzeki – w Dege, w prowincji Sichuan oraz w Dzomdzie (chiń. Jiangda), w Tybetańskim Regionie Autonomicznym – wywołał masowe protesty i falę zatrzymań.